劇情簡介：
元朝末年，天下大亂，群雄逐鹿，民不聊生。皇覺寺小和尚朱元璋揭竿起事，率兵攻入南京應天府。後得知民間有「三分天下諸葛亮，一統江山劉伯溫」的說法後，親臨文成南田請出了隱居鄉間的劉伯溫。滄海橫流，方顯英雄本色。劉伯溫出山後。以「帝師」、「王佐」的身份，為朱元璋定了西平陳友諒，東征滅張士誠而後一統大業的戰略。朱元璋依計在鄱陽湖用火攻一舉殲滅了陳友諒60萬大軍。然後率師東進，兵臨姑蘇城下，活捉了自稱吳王的張士誠。終完成統一大業，建立大明帝國，劉伯溫展示的大智慧，光照日月，穿越五百年時空，至今仍讓人歎為觀止。
一統江山後，劉伯溫輔助朱元璋開始了政治改革。朱元璋大刀闊斧地整肅吏治、建全法律、剷除異己、穩定局勢，以鐵腕手段粉碎了一個個政治陰謀。一時間，朱元璋以大智大勇而應付自如，指點江山，笑傲群雄，最後引身而退，奸相胡惟庸仍不放過退隱山林的劉伯溫，幾次陰謀加害。劉伯溫之死成為千古迷案，雲遮霧隱。
朱元璋攻占應天府，嚴禁士兵擾民。不料，不少士兵在私下強擄婦女，朱元璋嚴辦此事，使百姓安心，深得眾望。朱元璋對現今處境仍十分不安，其臣屬簇擁他稱王，而他秉持儒士朱升的建議「高築牆、廣積糧、緩稱王」，要眾人為他謀畫往後大計。朱元璋深感要成就大業非得找到如當年輔助劉邦稱帝的張良。其妻馬氏提醒他「三分天下諸葛亮，一統天下劉伯溫」，據聞劉伯溫精研兵書，還在石門得了古人所留的兵書。為了訪此賢才，特令胡大海攻打劉伯溫所在的處州。
要回處州的劉伯溫，遇見一大群逃離處州的難民，劉伯溫仍決定回處州，故製「江浙神算」的幡子，以免受紅巾軍所害。不料遇見被人追殺的兩名少女，於是不顧船家反對，把她們救上船。其中一名少女謹慎，知道救她們的先生要回青田武陽，而該地是張士誠的地盤。所以不肯告知其去處，靠岸下船。伯溫藉言將要暴雨，不願書本淋濕，揚言要借宿廟宇，其實是發現那兩名女子有血光之災，才特地跟前搭救。聞鶯要掩護不會武功的妹妹柳鶯，引開追兵。她順利逃開，而柳鶯卻露出行蹤被捉。伯溫和隨從二楞子用計救走柳鶯，再去找聞鶯。二楞子與張士誠的士兵周旋，聞鶯現身搭救。被伯溫安置好的柳鶯不見其姐蹤影，心急如焚，就離開伯溫交代她等候的地方。
救了聞鶯的伯溫，鼓勵想復仇的聞鶯可以往應天去投靠朱元璋。原來張士誠殺了她們的父母和家人，還想劫色，所以她們要報仇。當他們憶起柳鶯時，才發現她不見了，伯溫等人到渡口要截下人，無奈張士誠之人已帶走柳鶯。於是聞鶯立志要去投靠朱元璋，伯溫交代聞鶯可以去找好友宋濂幫助。
好不容易回到南田武陽村，原來伯溫在白鹿書院著《郁離子》一書，書成回來，母子相見，格外開心。不料，胡大海隨後來請伯溫出山，也道明攻下處州，為求賢士伯溫而來。伯溫分析朱元璋的施政方針，終定能得天下，不過他仍婉拒邀請。胡大海一氣之下，就拂袖而去。
等不到劉伯溫的朱元璋，氣憤胡大海的魯莽。對於李善長和胡惟庸，無意中成為心腹大患。聞鶯找入元帥府，李善長和胡惟庸故意指引聞鶯去鎮江找宋濂。馬氏見丈夫憂心，便推薦眾王子之師宋濂去當說客。
宋濂奉命當說客，深知伯溫的性情，到山中訪友去。聰明的宋濂表明不說他事，只請求伯溫送一罈家釀的酒給朱元璋，伯溫了解宋濂的用意，於是兩人打開天窗說亮話。伯溫道出本衷，他擔心無法和淮西舊將相處，甚至一旦開國之後，眾元勳揮霍無度，他斷不能與眾奸佞同流合污，若聖意違和，恐怕要在家小性命和蒼生福址之間衡量了。宋濂明白他的心意，也深有同感，故勸他若要歸隱最好換個地方，但伯溫無可奈何，心知命有定數。
宋濂仍請不動劉伯溫，朱元璋憂心如焚，馬氏提議效法周文王請姜尚之事，於是朱元璋親往，要請他未來的「張子房」出山。伯溫不說什麼，只告訴元璋要送他禮物，並要他自己選擇。元璋挑的都是和百姓有關。伯溫二話不說，馬上答應要下山幫朱元璋。
漢王陳友諒不甘朱元璋佔了應天，所以先棒殺了他上司傀儡皇帝徐壽輝，自立為皇帝，是日天候不佳。不久，以六十萬大軍要攻打朱元璋。首先太平受圍，情形危急，朱元璋旗下眾將意見紛紛，軍師李善長建議向陳友諒求和，攻打張士誠以鞏固勢力，眾人贊成。伯溫到了應天，元璋趕去禮賢館見他，伯溫獻上〈時務十八策〉為贄。翌日，元璋向眾人介紹伯溫，並為他接風洗塵，不意傳來消息說求和失敗。眼下將要兩面受敵之險，善長見計不成，仍立志要東進取蘇杭擴張勢力。伯溫主張西進，理由是陳友諒軍隊不得人心，軍紀不佳，由於其人野心勃勃，若是東進，他必定攻本營應天府，而朱元璋就會被兩面夾擊；反之張士誠沒有野心，偏安一隅，一旦西進，他只會隔岸觀火，可放心西進。不過朱元璋舊屬大多反對此議。此時傳來太平將不保，守城軍少，難抵抗陳友諒，而朱元璋養子朱文遜及守將花雲皆在此役中戰死。
朱元璋夜訪伯溫詢問求勝之方，伯溫以為陳友諒性急，驕兵必敗，一受挫必亂，首先鼓勵軍心，斬殺議和之人，此戰必有望，也能夠收回太平。伯溫建議讓與陳友諒私交甚好的康茂才詐降，引陳友諒領兵深入，必定能勝。
康茂才建議朱元璋其手下一員乃服侍過陳友諒多年，定可以取信陳友諒。為確保此計成功，可招降徐壽輝舊屬作側反。果然，陳友諒的軍師信不過受降於朱元璋的康茂才，但在徐壽輝兩名舊屬將軍的保證下，陳友諒深以為然。聞鶯到了鎮江，正巧遇上邵榮要赴應天出征，聞鶯請求同往，邵榮表面答應，但居心叵測。邵榮抗命回應天，朱元璋怒責他不盡職，幾乎殺了他，在眾人求情後方罷休。邵榮心有不甘家人皆為人質在應天，不直接回鎮江，反放眾兵去享樂。
聞鶯被邵榮囚禁，邵榮之妻私縱聞鶯。邵榮不滿朱元璋，胡惟庸與楊憲在一旁添油加醋，更令邵榮怒氣沖沖，揚言將不顧軍令。胡惟庸、楊憲怕淌渾水，急急離去。聞鶯逃出來後，去找伯溫，並告知自己險些成了邵榮的小妾，也對朱元璋旗下的臣屬人品感到輕蔑。
蘇州張士誠整天笙歌不斷，柳鶯在張士誠的利脅威逼加上和言相勸之下，成了他的小妾。陳友諒派軍師去結交張士誠，希望雙方夾擊朱元璋。
張士誠明著接下陳友諒的條件，暗著打算隔岸觀虎鬥，坐收漁翁之利。陳友諒大軍壓境，朱元璋憂心如焚，卻遍尋不到劉伯溫的蹤影，十分生氣。原來劉伯溫為了邵榮有心謀反之事，找宋濂商議去。宋濂親往鎮江監視邵榮，聞鶯隨身護衛，也順道探查妹妹柳鶯的下落。
胡大海之子私以軍糧釀酒，邵榮與之同流合污，並在長興城交易買賣。張士誠的部屬發現這個邊防上的重大缺失，極力鼓吹張士誠攻打。張士誠在柳鶯與大臣面前討論軍機要事，為討美人歡心，決定攻打長興城，進而直搗鎮江。
陳友諒中計進軍江東城下，發現中了康茂才之計，大敗而全軍撤退。
聞鶯找到備受張士誠寵愛為之所動的妹妹，不樂她如此墮落。柳鶯擔心姐姐的安危，告知長興城將受戰火波及，聞鶯立刻趕回通報眾人。朱元璋下令斬殺胡大海之子，處置邵榮。由於小明王本營安豐受圍，劉福通向朱元璋求救，朱元璋以為現自己仍打著紅軍的旗號，必須前去搭救小明王。
劉伯溫不支持解安豐之危，以為這徒使增加陳友諒來攻的可能。但朱元璋以仁義自許，執意要去。大軍出營後，陳友諒立刻傾國而出，順江而下，決定先攻下南昌。劉伯溫慶幸陳友諒未來攻打應天，於是讓前來求援的張將軍回去告訴眾人，請他們再支持一個月。途中張將軍被擒，不屈而死。朱元璋趕回應天，大為震怒，指責李善長用計不當，伯溫以為此形勢對己方有利，況現值旱季，對方又以大船來攻，勝算頗大。
陳友諒打算拉攏失意的邵榮，利誘他窩裡反，邵榮果然上鉤。
邵榮設計讓朱元璋至鎮江，暗中與中書省參政趙繼祖同謀。此事被劉伯溫發覺，及時阻止，另派楊憲假扮朱元璋，使邵榮詭計顯現。但朱元璋卻饒過了二人。
朱元璋與陳友諒兩軍交戰，首戰不利，於是改變方式，獲得大勝。但陳友諒待戰俘殘酷，朱元璋善待俘虜，於是使軍心更傾向朱元璋。
陳友諒派人勸張士誠偷襲朱元璋後方，但張士誠固守基業，作壁上觀。鄱陽湖大捷，陳友諒兵敗而亡，此時張士誠才追悔莫及。劉伯溫勸朱元璋稱帝，除去小明王，但朱元璋不願扛此罪名。李善長之子刺探姑蘇時捉住聞鶯，李善長、胡惟庸欲利用此機扳倒劉伯溫。聞鶯得徐達之助逃回禮賢館，劉伯溫立刻帶她覲見朱元璋，使李善長之計失效。聞鶯受命帶一支精兵入姑蘇，生擒張士誠。另一方面，馬氏和朱元璋有意撮合聞鶯和劉伯溫。
聞鶯有意委身相許，劉伯溫顧慮家中妻兒，婉言拒絕，聞鶯大失所望，馬氏、朱元璋見聞鶯痴心可憐，都有意相助，聞鶯不願勞煩，只待在馬氏身邊。朱元璋大軍攻入蘇州，張士誠兵敗，不願苟活，先親手殺了心愛的柳鶯，再自縊。聞鶯趕來時只見奄奄一息的妹妹，悲痛莫名，及時捉住還有一口氣的張士誠。朱元璋派廖永忠至處州接小明王回應天，劉伯溫暗示廖永忠處置小明王的方法。不久，傳來小明王及其親屬同在江中溺死，而張士誠在獄中自盡。正稱了朱元璋的心意，然後在應天登基稱帝。
新朝初立，一片喜氣，伯溫要求歸鄉，不戀棧官職，推薦李善長為相。聞鶯淚眼相求，留住了劉伯溫。李善長、胡惟庸本樂見於劉伯溫求去，不料反倒是宮中開始為劉伯溫的婚事籌備。兩人想借機討好朱元璋，入宮獻寶物，卻碰了一鼻子灰。
朱元璋愁煩如何安置劉伯溫的官職，打算授予御史中丞，監督百官，以制衡宰相。朱元璋大封功臣，劉伯溫在探訪民隱之際發現不少弊端，進言當先立法、不擾民。不久，朱元璋派御史大夫湯和南征方國珍，而自己北上汴梁勞軍。要求劉伯溫代理御史台之職，並授予金瓜斧，可先斬後奏。李善長受封為相，百官紛紛來巴結。
朱元璋令李善長、劉伯溫共同監國，胡惟庸勸李善長要樹立相權，但李善長明白其實是朱元璋不信任他。劉伯溫憂心國事，聞鶯見他心事重重，請他將她當作知己傾訴。
李善長之子開楚秀樓，公然賣官，逼迫張士誠妻妾為娼。楊憲知道此事，捉來李善長心腹手下李彬的部屬，要他招供所有始末，之後又邀來江南文人，告知他們這件事情，企圖挑起兩方戰火。
楊憲挾聖令之威，抄檢楚秀樓以邀功，捉走了李彬，放了李善長之子李祺。由於此次牽連甚廣，使審理案件的御史中丞劉伯溫十分為難。胡惟庸欲用計讓此事牽連伯溫，伯溫先聲奪人，立入相府請罪。李善長質問伯溫用心，伯溫才點出楊憲握有聖旨，李善長只好犧牲心腹李彬。
洪武元年旱災不斷，太祖令太史令劉伯溫求雨，只是旱象遲遲未解。伯溫成日在溽暑下祈雨，終於不支倒地。於是他藉機請求朱元璋行數項德政以惠民。楊憲在此案後氣焰高漲，伯溫不顧聖旨，先斬殺李彬，不料刑場竟在祈雨壇，使求雨失效一事和斬殺李彬扯上干係。
太祖勝仗歸來，李善長率眾官賀壽，之前伯溫預感有禍殃，要聞鶯避走，聞鶯不允。太祖心疼旱災不解，大怒群臣浪費公帑，太史令又祈雨未果，更糟的是，為此還廢止祭孔一事，令宋濂不惜死諫。太祖大怒，加上李善長、胡惟庸和楊憲煽動，竟下令斬殺宋濂，更要伯溫同時祈雨。伯溫為救好友，急入宮求見，但太祖不接見。他只好讓聞鶯入後宮求皇后。太子得知老師欲被殺，心急如焚，立即求見父皇，馬皇后更是大驚，太子見父親心硬，傷心之下，投河死諫，伯溫此時更執金瓜斧入殿，遭大怒中的朱元璋以箭射殺，而昏死過去，在眾人交相求情之下，太祖終於感動，赦了宋濂。
太祖憂患災情，生氣伯溫曾保證只要殺了李彬必有甘霖，但事與願違。馬皇后在一旁勸解，太祖方漸漸後悔自己的魯莽。伯溫幸中箭未深，太祖特地登門致歉，此外還責難了李善長和胡惟庸。李善長揚言此必為楊憲之計，於是楊憲也備受苛責。
旱災愈演愈烈，伯溫不顧病體，硬要求雨。而太祖和皇子探民隱，民間已到人吃人的苦境，太祖引以為苦。
伯溫祈雨時查覺異兆危急聖上，但時機未到，尚不能言明。四處災民造反，官倉糧盡，只好強逼私倉救濟。此時有僧人上告伯溫於祈雨期斬人，李善長在旁煽風點火，太祖悒悒不樂。是夜，太祖夢見伯溫前來救他。
伯溫鼓勵聞鶯與皇后結拜為姐妹。翌日伯溫則上書罪己，告老歸鄉，並建議太祖率百官祭天，唯有如此，方能解旱。太祖只好勉為難答應。
聞鶯這時方知伯溫要她與皇后結拜的用心，十分生氣，堅持無論如何都要陪伴在他身邊。胡惟庸欲利用伯溫歸鄉，令人暗中除之。伯溫離京，天立雨，萬民歡騰，更加深太祖要重用他的心。返鄉的伯溫在中途得知老母已逝，悲痛莫名，其子對聞鶯的身份並不支持，聞鶯自覺不便跟伯溫回家，只好停留分手之處。伯溫返家奔喪，聞鶯心中不捨，隨後跟上，伯溫髮妻得知聞鶯之事，震驚不滿，不讓聞鶯入門，伯溫只好黯然不語。
另方面，李善長春風得意，因為其子李祺娶了太祖長女寧安公主，受到百官阿諛。此時陝西巡檢司上書李祺利用皇親國戚的身份，到是省私販茶馬。為貫徹法令，太祖不顧長公主哀求，殺了李祺。此事禍及李善長，相位可能中虛，胡惟庸、汪廣洋和楊憲都對相位垂涎已久。
伯溫之母出殯時，殺手殂擊，聞鶯出手相救，此時伯溫之妻才盡釋前嫌，認聞鶯為妹，要她代己照顧。而太祖也早下詔令伯溫還京任職。伯溫還京後，其妻病逝於南田。
太祖有意讓伯溫任相，伯溫自認嫉惡如仇，不宜擔此重職而惋拒。洪武四年，太祖黜相國之位，令李善長回鳳陽老家。馬皇后病重，不願多延醫，令伯溫和聞鶯憂心。
汪廣洋任右相，胡惟庸擔中書左丞，但左相空懸。此時楊憲呈密奏倒汪廣洋，鼓勵胡惟庸取而代之，果然太祖震怒，貶汪廣洋回鄉奉養老母。胡惟庸因而得以專權，伯溫以為這乃天下蒼生之苦。
胡惟庸之子當街行兇，受害家屬上御史台告發，伯溫判斬立決，胡惟庸上門以太祖所賜免死鐵券保子，伯溫不允，胡惟庸立刻以低姿態求太祖，並巧飾其子罪行，太祖也袒護他。原來太祖有意建都鳳陽，要與胡惟庸商議，胡惟庸投其所好，答應上書提議。
在父親的保護下，胡惟庸之子明著發配浙東慶元做勞役，實與水師都督廖永忠勾結。廖永忠縱容下屬劫民則，慶元縣丞屢次諫言被駁。胡惟庸之子有廖永忠為靠山，於是地搜括民脂，伯溫派人調查其惡行，欲令之伏罪。慶元高縣丞愛民如子，不忍百姓受苦，於是公然挑戰胡惟庸之子。
高知縣捉走胡惟庸之子，廖永忠只好低聲下氣要高知縣放人，但縣丞不講情面，百般勸諫廖永忠，廖永忠腦羞成怒，直接上縣衙要人，並責打了高知縣，令百姓十分不服。之後，胡惟庸之子與地方惡霸聯袂魚肉鄉民，為了阻廖永忠的嘴，特地獻上惡霸美貌的妹妹為妾。高知縣收到太多百姓控訴胡惟庸之子和惡霸的劣行，再度羈留他們，這次廖永忠不知會知縣，就任意帶走人，而且還毀損衙門，令高知縣沮喪莫名。這時伯溫建議知縣上書朝廷，不料這事先為胡惟庸之子得知，故先上京與父親稟報，胡惟庸便扣下高知縣狀紙，還誣陷高知縣造反，結果高知縣無辜遭到冤殺。伯溫拯救不及，悲痛難忍，特地把高知縣遺奏呈上，此時太祖後悔莫及，下令斬殺胡惟庸之子，命伯溫去撫慰慶元百姓。
東窗事發後，廖永忠求太祖念在他當年溺殺小明王有功，引起太祖大怒，賜他自裁，但也念及舊情，令人教育廖永忠之子，使其成材後可襲父爵。胡惟庸恐罪及己身，驚慌不已。
伯溫諫太祖廣納賢才，太祖深以為然，並微服出巡，刺探官民生活情形。一次，他見代替中書省都事李彬的羅仁，家徒四壁，心有不忍，便賜宅予他，更上朝表揚要百官清廉節儉。此時他下大誥命准民告官，結果嘉定一地百姓不滿地方官亂添稅賦，私飽中囊，要上告朝廷，竟被巡檢司給刖足，百姓敢怒不敢言。伯溫查訪此事，老百姓哭訴上了聖上的當。
伯溫上書此事，太祖震怒，交待伯溫制法以整肅吏治，伯溫憂慮極多。又至審核之時，胡惟庸會合六部官員查全國稅賦，楊憲提出要鼓勵清廉之風，胡惟庸當地讓楊憲下不了台。楊憲懷恨在心，本苦無對策，正巧戶部侍郎與地方官員提到，地方官員可以攜已印有衙門印章的空白文書入京謄寫，這令楊憲想到有舞弊之嫌，故立即上奏。
此次「空印案」禍及太多無辜官吏，眾官吏求助伯溫。伯溫呈情道：空白文書只是權宜之計，為防止地方帳本和中央帳本不同，毋需再花費時間來回地方、中央；若要做假帳，在地方偽造即可，何必入京再做。但太祖執意要嚴懲貪吏，不管此舉是否過於殘酷，伯溫內咎無力救助官吏，要求退隱，太祖首肯，其實內心後悔。之後，太祖暗中派錦衣衛以造謠擾民斬殺楊憲。返家後，伯溫人事不省，聞鶯急入宮中求助病重的馬皇后，皇后命徐太醫治療，太醫斷定為中風。胡惟庸得知伯溫病重，自恃可以獨攬大權。
馬皇后藥石罔效，太祖心焦如焚，親餵湯藥，但馬皇后都偷偷吐掉。蘇州首富沈萬三經由胡惟庸引荐，進獻聚寶盆，太祖不喜平民百姓富可敵國，馬皇后擔心太祖動了殺機，勸諫他有關沈萬三只需交給天罰即可。於是太祖將他充軍，把聚寶盆埋入南京城牆下。
胡惟庸想藉機殺了伯溫，買通徐太醫，以藥鴆殺伯溫。故伯溫病情日益惡化，但為不使人擔心，他強忍病痛。馬皇后自知氣數已盡，擔心若群醫藥劑失效，依丈夫的脾氣恐會累及無辜，故堅不肯服藥，在伯溫離京返鄉養病後，馬皇后就病逝了。
胡惟庸得知伯溫未死，命人到南田查探。伯溫感到腹中有石，身體一日不如一日。南田張主簿發現京官微服下鄉，受命去查伯溫近況。再想盡辦法和伯溫面談後，感到蹊蹺，明知伯溫去日無多，病入膏肓，卻對京官謊稱伯溫不理事，京官才安心回去覆命。
伯溫召來二子交待遺言，令長子璉上呈自己全數藏書，並稟報聖上不可建都鳳陽，還要小心胡惟庸的野心，也交待次子璟要輔佐皇帝。洪武八年四月十六日病逝南田，享年六十五。長子璉呈上父親遺奏，太祖心悲，憶起當年種種，於是將胡惟庸打入死牢，並親題「帝師王佐劉伯溫」追念故人。